Согласно легенде, город возник благодаря Геркулесу, но история говорит о том, что его основали финикийцы, назвав эту сицилийскую колонию Мотия, что значит “Прядильная фабрика”.
Позднее город перешёл к карфагенянам и на долгие годы был вовлечён в войны между Карфагеном и Грецией, которые боролись за обладание островом. Дионисий I из Сиракуз завоевал Мотию в 397 г. до н.э., но годом позже город был снова отвоёван карфагенянами, которые переселили его жителей в Лилибей. После этого события Мотия была вычеркнута из истории.
Руины города обнаружил англичанин Джозеф Витакер, который организовал раскопки и открыл большую часть Моции. Дочь Витакера продолжила поиски, начатые отцом. В настоящее время на вилле Витакеров размещается музей. Рядом с музеем расположен дом греческой планировки, построенный на месте финикийского дома, его внутренний дворик вымощен белыми и чёрными камешками, изображающими борющихся животных, и окружён портиком с колоннами в дорическом стиле. В V в. до н.э. была построена дорога, проходящая по лагуне Станьоне и соединяющая остров с Бирджи. Дорога идёт по искусственной щебёночной насыпи под водой, и только во время отлива она оказывается примерно на метр выше уровня моря. Ещё несколько лет назад эта дорога использовалась для перевозки винограда с виноградников острова на винодельческие предприятия.